Single-cell analysis of the IMC data

Metoda IMC (Image Mass Cytometry) umożliwia analizę markerów białkowych na poziomie subkomórkowym. Dzięki nowatorskiej technologii pozwala ona na pomiary do 40 markerów z rozdzielczością 1um. Niestety, ta bezprecedensowa rozdzielczość ma również swoje problemy - głównie związane z różnymi rodzajami przenikania sygnałów, które powodują, że sąsiednie komórki mogą fałszywie wpływać na poziom ekspresji markera danej komórki. W tej pracy przedstawiam generatywne podejście do kompresji, które wykorzystuje autoenkodery odszumiające. Warto zauważyć, że jest to pierwsze zastosowanie tej techniki do odszumiania danych IMC.

The IMC (Image Mass Cytometry) modality enables a protein markers analysis on the subcellular level. Thanks to a novel technology, it allows measurements of up to 40 markers at the 1um resolution. Unfortunately, this unprecedented resolution also has its problems - mostly connected to different types of spillovers that make the neighboring cells affect the marker expression of a given cell spuriously. In this work, I’m introducing a generative-based compression approach that uses denoising autoencoders. Notably, this is the first application of this technique to the IMC data denoising.