Struktura i dynamika białek globularnych - modelowanie metodami gruboziarnistymi

Celem pracy opisanej w niniejszej rozprawie było zastosowanie gruboziarnistych metod modelowania komputerowego do przewidywania struktury i dynamiki białek. W pracy porównałem wyniki otrzymane z metod zredukowanych z danymi̇ otrzymanymi z uzyciem klasycznej, pełno-atomowej dynamiki molekularnej. ̇ Wyniki pracy pokazały, że dla krótkich czasów symulacji (10 ns) gruboziarnisty model CABS jest spójny w opisie z dynamiką molekularną łańcucha białkowego, co pozwala na przeprowadzanie symulacji dynamiki stanu natywnego w znacznie krótszym czasie uzycia procesora (w porównaniu z MD). W pracy zbadałem wpływ róznych parametrów opisu struktury białka na ruchliwość atomów łańcucha głównego (atomów wegla Cα). Uzywajac najlepszych zestawów parametrów stworzyłem model maszyny wektorów nośnych służacy do przewidywania wartości fluktuacji atomów Cα na podstawie samej struktury. Zastosowałem podejście wieloskalowe do modelowania de novo fragmentów petli w białkach, proponując uniwersalną metodykę modelowania petli o długości do 25. reszt aminokwasowych. Rozszerzając to zagadnienie, opracowałem półautomatyczna metode przewidywania struktury białek na podstawie sekwencji białka celu, bądź sekwencji i struktur szablonów.