Artykuł w czasopiśmie
Brak miniatury
Licencja
ClosedAccessDostęp zamknięty
 

Aggregated network centrality shows non-random structure of genomic and proteomic networks

Uproszczony widok
cris.lastimport.scopus2024-02-12T20:18:47Z
dc.abstract.enNetwork analysis is a powerful tool for modelling biological systems. We propose a new approach that integrates the genomic interaction data at population level with the proteomic interaction data. In our approach we use chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing (ChIA-PET) data from human genome to construct a set of genomic interaction networks, considering the natural partitioning of chromatin into chromatin contact domains (CCD). The genomic networks are then mapped onto proteomic interactions, to create protein-protein interaction (PPI) subnetworks. Furthermore, the network-based topological properties of these proteomic subnetworks are investigated, namely closeness centrality, betweenness centrality and clustering coefficient. We statistically confirm, that networks identified by our method significantly differ from random networks in these network properties. Additionally, we identify one of the regions, namely chr6:32014923–33217929, as having an above-random concentration of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) related to autoimmune diseases. Then we present it in the form of a meta-network, which includes multi-omic data: genomic contact sites (anchors), genes, proteins and SNPs. Using this example we demonstrate, that the created networks provide a valid mapping of genes to SNPs, expanding on the raw SNP dataset used.
dc.abstract.plNajważniejsze dokonania: Reprezentacja sieci interakcji chromatyny z analizy interakcji chromatyny na podstawie danych ze sparowanymi fragmentami (ChIA-PET), interakcja chromatyny specyficzna dla domen CCDs i szczegółowa charakterystyka struktury sieci, reprezentacja sieci z wieloma typami, w tym interakcje genomowa i proteomiczne, test statystyczny na właściwości topologiczne sieci wykazują nieprzypadkowy charakter sieci biologicznych, reprezentacja domeny genomicznej w meta-sieci (białko-gen-kotwica-SNP) wykazuje znaczący związek z chorobą autoimmunologiczną.
dc.affiliationUniwersytet Warszawski
dc.contributor.authorDenkiewicz, Michał
dc.contributor.authorBasu, Subhadip
dc.contributor.authorHalder, Anup Kumar
dc.contributor.authorPlewczyński, Dariusz
dc.contributor.authorSengupta, Kaustav
dc.date.accessioned2024-01-24T15:39:57Z
dc.date.available2024-01-24T15:39:57Z
dc.date.issued2020
dc.description.financePublikacja bezkosztowa
dc.description.volume181-182
dc.identifier.doi10.1016/J.YMETH.2019.11.006
dc.identifier.issn1046-2023
dc.identifier.urihttps://repozytorium.uw.edu.pl//handle/item/100348
dc.identifier.weblinkhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202319300507?via%3Dihub
dc.languageeng
dc.pbn.affiliationbiological sciences
dc.relation.ispartofMethods
dc.relation.pages5-14
dc.rightsClosedAccess
dc.sciencecloudnosend
dc.subject.enNetwork analysis
dc.subject.enCentrality
dc.subject.enChromatin contact domains
dc.subject.enChromatin interaction
dc.subject.enProtein-protein interaction
dc.subject.enMeta-network
dc.subject.plAnaliza sieci
dc.subject.plcentralność
dc.subject.pldomeny kontaktowe chromatyny
dc.subject.plinterakcje chromatyny
dc.subject.plinterakcje białko-białko
dc.subject.plmeta-sieć
dc.titleAggregated network centrality shows non-random structure of genomic and proteomic networks
dc.typeJournalArticle
dspace.entity.typePublication