Praca magisterska
Brak miniatury
Licencja
ClosedAccessDostęp zamknięty
 

Single-cell analysis of the IMC data

Uproszczony widok
dc.abstract.enThe IMC (Image Mass Cytometry) modality enables a protein markers analysis on the subcellular level. Thanks to a novel technology, it allows measurements of up to 40 markers at the 1um resolution. Unfortunately, this unprecedented resolution also has its problems - mostly connected to different types of spillovers that make the neighboring cells affect the marker expression of a given cell spuriously. In this work, I’m introducing a generative-based compression approach that uses denoising autoencoders. Notably, this is the first application of this technique to the IMC data denoising.
dc.abstract.plMetoda IMC (Image Mass Cytometry) umożliwia analizę markerów białkowych na poziomie subkomórkowym. Dzięki nowatorskiej technologii pozwala ona na pomiary do 40 markerów z rozdzielczością 1um. Niestety, ta bezprecedensowa rozdzielczość ma również swoje problemy - głównie związane z różnymi rodzajami przenikania sygnałów, które powodują, że sąsiednie komórki mogą fałszywie wpływać na poziom ekspresji markera danej komórki. W tej pracy przedstawiam generatywne podejście do kompresji, które wykorzystuje autoenkodery odszumiające. Warto zauważyć, że jest to pierwsze zastosowanie tej techniki do odszumiania danych IMC.
dc.affiliationUniwersytet Warszawski
dc.affiliation.departmentWydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
dc.contributor.authorFedorczyk, Izabela
dc.date.accessioned2025-01-20T14:44:19Z
dc.date.available2025-01-20T14:44:19Z
dc.date.defence2024-12-17
dc.date.issued2024
dc.date.submitted2024-12-05
dc.description.promoterSzczurek, Ewa
dc.description.reviewerSzczurek, Ewa
dc.description.reviewerGogolewski, Krzysztof
dc.identifier.apd228075
dc.identifier.urihttps://repozytorium.uw.edu.pl//handle/item/165675
dc.languageen
dc.language.otherpl
dc.publisherUniwersytet Warszawski
dc.rightsClosedAccess
dc.subject.enSpatial Imaging
dc.subject.enImaging Mass Cytometry
dc.subject.enIMC
dc.subject.enSpatial Spillover
dc.subject.enData denoising
dc.subject.enGenerative Compression
dc.subject.enSingle-cell analysis
dc.subject.enGenerative models
dc.subject.enAutoencoders
dc.subject.plObrazowa cytometria masowa
dc.subject.plIMC
dc.subject.plprzestrzenne przenikanie sygnałów
dc.subject.plOdszumianie danych
dc.subject.plKompresja generatywna
dc.subject.plAnaliza pojedynczych komórek
dc.subject.plModele generatywne
dc.subject.plAutoenkodery
dc.titleSingle-cell analysis of the IMC data
dc.title.alternativeAnaliza danych IMC na poziomie pojedynczych komórek
dc.typeMasterThesis
dspace.entity.typePublication