Praca doktorska
Ładowanie...
Licencja
CC-BY - Uznanie autorstwaThe contribution of Saccharomyces cerevisiae cap binding complex to small nuclear and small nucleolar RNA processing
| dc.abstract.en | Small nuclear and nucleolar RNAs are transcribed by RNA polymerase II as precursors, whose 5’ ends either undergo combined endo- and exonucleolytic processing by Rnt1 and Rat1, respectively, or remain unchanged. In turn, their extended 3’ ends are trimmed by the exosome/Rrp6, following cleavage by Rnt1 or transcription termination by the ncRNA-specific transcription termination Nrd1/Nab3/Sen1 (NNS) complex. In this work showed that the interaction between Nrd1/Nab3 and the cap binding complex (CBC) bound to the m7G cap of sn/snoRNA precursors is a key element of the mechanism linking their 5’- and 3’ end processing. I demonstrated that CBC binds to the m7G cap at the early step of transcription but remains associated with snoRNAs and snRNA genes, also for snoRNAs processed by Rnt1, until the termination and is dependent on RNA. Moreover, in the absence of the CBC complex Nrd1 recruitment to sn/snoRNA genes is decreased. I also showed that co-transcriptional recruitment of Rnt1 to snoRNA genes processed at their 5’ end occurs at late stages of transcription. Surprisingly, in the absence of Rnt1, 5’ end unprocessed box C/D pre-snoRNAs do not possess mature 3’ ends but carry oligoadenylated extensions, which indicates a defect in their 3’ maturation. These data strongly suggest that processing of both snoRNA termini is coupled, probably via the CBC-NNS interaction, that prevents premature 5’ end processing by Rnt1 and delays it until transcription termination. This link probably contributes to the error-free and timely synthesis of mature snoRNA molecules. |
| dc.abstract.pl | Małe jądrowe i jąderkowe RNA (sn/snoRNA) są transkrybowane przez polimerazę RNA II (Pol II) jako prekursory, których końce 5’ ulegają obróbce endo- i egzonukleolitycznej z udziałem nukleaz Rnt1 i Rat1, lub pozostają niezmienione. Z kolei wydłużone końce 3’ powstałe w wyniku cięcia katalizowanego przez Rnt1 lub terminacji transkrypcji zależnej od specyficznego dla niekodujących RNA (ncRNA) kompleksu Nrd1/Nab3/Sen1 (NNS) są skracane z udziałem jądrowego egzosomu/Rrp6. W pracy wykazano, że oddziaływanie NNS z kompleksem wiążącym m7G kap (CBC) obecny na końcu 5’ prekursorów sn/snoRNA jest kluczowym elementem mechanizmu łączącego dojrzewanie końców 5’ i 3’. CBC wiąże kap na wczesnych etapach transkrypcji genów sn/snoRNA i pozostaje z nim związany aż do terminacji transkrypcji, również w przypadku snoRNA, których koniec 5’ jest cięty przez Rnt1. Ponadto, w nieobecności CBC, rekrutacja Nrd1 do genów sn/snoRNA jest obniżona lub opóźniona. Pokazano również, że asocjacja Rnt1 do genów snoRNA ciętych na końcu 5’ zachodzi ko-transkrypcyjnie ale na późnych etapach transkrypcji. Co ciekawe, w nieobecności Rnt1, prekursory snoRNA klasy box C/D, które zostały przecięte na końcu 5’, mają niedojrzały, wydłużony i oligoadenylowany koniec 3’, co sugeruje defekt jego obróbki. Dane te silnie wskazują na związek między dojrzewaniem obu końców sn/snoRNA, prawdopodobnie poprzez oddziaływanie CBC-NNS, które zapobiega przedwczesnemu cięciu Rnt1, opóźniając je aż do momentu terminacji transkrypcji. Opisany mechanizm jest prawdopodobnie istotnym elementem kontroli jakości i synchronizacji dojrzewania pre-sn/snoRNA. |
| dc.affiliation.department | Wydział Biologii |
| dc.contributor.author | Szczepaniak, Sylwia |
| dc.date.accessioned | 2016-02-03T14:20:50Z |
| dc.date.available | 2016-02-03T14:20:50Z |
| dc.date.defence | 2016-02-17 |
| dc.date.issued | 2016-02-03 |
| dc.description.promoter | Kufel, Joanna |
| dc.description.promoter | Darżynkiewicz, Edward |
| dc.identifier.uri | https://repozytorium.uw.edu.pl//handle/item/1401 |
| dc.language.iso | en |
| dc.rights | CC-BY |
| dc.rights.uri | CC-BY |
| dc.subject.en | sn/snoRNA RNA maturation |
| dc.subject.en | 5' cap |
| dc.subject.en | 3' processing |
| dc.subject.en | CBC |
| dc.subject.en | NNS |
| dc.subject.en | Rnt1 |
| dc.title | The contribution of Saccharomyces cerevisiae cap binding complex to small nuclear and small nucleolar RNA processing |
| dc.title.alternative | Udział kompleksu wiążącego kap w dojrzewaniu małych jądrowych i małych jąderkowych RNA u drożdży Saccharomyces cerevisiae” |
| dc.type | DoctoralThesis |
| dspace.entity.type | Publication |